12月13日，海南航空2016年第6次临时股东大会通过了公司名称变更的议案，海南航空股份有限公司这个名字将被海南航空控股股份有限公司替代。当然，依据相关规定，更名还需得到民航局的批准方才生效。
海南航空方面解释说，其更名的原因是为了进一步理顺与8家控股子公司和4家参股子公司的投资和管控关系，确保航空运输安全和提供高品质的服务，使公司名称契合做为多家航空企业股东所赋予的监督、管理职能，充分发挥各航空运输企业之间的协同联系。
海南航空控股的8家子公司分别为中国新华航空集团有限公司（海南航空持股69.65%)、山西航空有限责任公司（50.60%）、云南祥鹏航空有限责任公司（86.68%)、乌鲁木齐航空有限责任公司（86.32%)、福州航空有限责任公司（60.00%)、长安航空有限责任公司（83.31%）、天津航空有限责任公司（87.27%)、广西北部湾航空有限责任公司（天津航空持有70.00%的股份）；其参股的子公司则包括北京首都航空、西部航空、扬子江快运航空和香港航空。
11月25日，海南航空董事会已经审议通过了拟变更公司名称的报告，此前还将拟变更的名称咨询了工商部门的意见，并收到海南省工商行政管理局（琼工商）名称变核外字【2016】第506号《外商投资企业名称变更核准通知书》。
海南航空股份有限公司之名启用于20年前。1996年11月12日，经国家工商行政管理局核准，海南航空的名称由海南省航空公司改为海南航空股份有限公司。海南航空控股股份有限公司将是海南航空的第三个公司名字。